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越來越多研究表明，益生菌中各菌株功能具有特異性，即便隸屬於同菌種，擁有不同的菌株編號也會有功效上的差異。
舉例來說，鼠李糖乳桿菌GG（LGG菌）具有眾多科學研究，研究領域包含調整體質、消化道保健；而隸屬於同種的菌株GR-1，則有私密處保養的科學研究。
因此，並非所有益生菌都有相同的功能。
許多人服用益生菌卻未見成效，主要原因之一在於所選擇的菌株可能缺乏充分的研究支持其功效，也常有消費者的需求與選擇的產品不符合的情況(例如：想要藉由益生菌來調整體質，但所購入的產品所使用的菌株配方卻只能幫助排便。)
以下將從公共醫療文獻資料庫收集近50種常見菌株的功效文獻，並指出除了菌株的科學研究之外，還有哪些因素會影響益生菌的效果。
益生菌各菌株功能總整理
嗜酸乳桿菌（Lactobacillus acidophilus）菌株與其功效
- Lactobacillus acidophilus La-14 私密處保養、免疫調節
- Lactobacillus acidophilus LA-05 消化道保健、免疫調節
- Lactobacillus acidophilus LA1 干擾幽門螺旋桿菌生長
- Lactobbaillus acidophilus NCFM 消化道保健、免疫調節、乳糖消化
乾酪乳桿菌（Lactobacillus casei）菌株與其功效
- Lactobacillus casei Shirota 幫助排便
- Lactobacillus casei variety rhamnosus Lcr35 幫助排便
鼠李糖乳桿菌(Lactobacillus rhamnosus)菌株與其功效
- Lactobacillus rhamnosus GG 調整體質、免疫調節、消化道保健
- Lactobacillus rhamnosus CRL1505 免疫調節
- Lactobacillus rhamnosus HN001 調整體質、幫助排便、消化道保健、私密處保養
- Lactobacillus rhamnosus GR-1 私密處保養
- Lactobacillus rhamnosus MP108 調整體質
副乾酪乳桿菌(Latobacillus paracasei)與其功效
- Lactobacillus paracasei 33 調整體質
- Lactobacillus paracase BRAP-01調整體質
- Lactobacillus paracasei MP108 調整體質
- Lactobacillus paracasei LT12 免疫調節
- Lactobacillus paracasei LCW23 調整體質
- Lactobacillus paracasei BB5調整體質
- Lactobacillus paracasei ntu-101調整體質、幫助排便
- Lactobacillus paracasei Lpc-37 消化道保健、調節心情
- Lactobacillus paracasei K47 免疫調節、調整體質
發酵乳桿菌（Lactobacillus fermentum）與其功效
- Lactobacillus fermentum GM-090 調整體質
植物乳桿菌（Lactobacillus plantarum）與其功效
- Lactobacillus plantarum L-137 調節免疫、調整體質
- Lactobacillus plantarum K21 調節膽固醇
- Lactobacillus plantarum PS128 調節心情
- Lactobacillus plantarum CMU995 調整菌叢、消化道保健
- Lactobacillus plantarum GKM3 其產品有取得健字號(不易形成體脂肪)
- Lactobacillus plantarum Lp-115 (與其他5株菌株之組合物) 干擾幽門螺旋桿菌生長
乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）與其功效
- Lactococcus lactis A17 免疫調節、調整體質
羅伊氏乳桿菌（Lactobacilluls reuteri）與其功效
- Lactobacillus reuteri DSM17938 消化道保健、幫助排便
- Lactobacillus reuteri BR101 免疫調節
- Lactobacillus reuteri GMNL-263 調整體脂
- Lactobacillus reuteri RC-14 私密處保養
- Lactobacillus reuteri NCIMB 30351 消化道保健
- Lactobacillus reuteri NCIMB 30242 消化道保健
- Lactobacillus reuteri DSMZ17648 抑制幽門桿菌生長
瑞士乳桿菌（Lactobacillus helveticus）與其功效
- Lactobacillus helcetucus LA27 消化道保健
唾液乳桿菌（Lactobacillus salivarius）與其功效
- （Lactobacillus salivarius AP-32 消化道保健
短雙歧桿菌（Bifidobacterium breve）
- Bifidobacterium breve BR03 幫助排便
- Bifidobacterium breve B632 幫助排便
- Bifidobacterium breve M-16V 與與龍跟菌BB536搭配使用有調整體質作用
雙叉雙歧桿菌（Bifidobacterium bifidum）
- Bifidobacterium bifidum BGN4 消化道保健
動物雙歧桿菌（Bifidobacterium animallis subsp.lactis）
此菌種又名雷特氏B菌、比菲德式雷特氏B菌
- Bifidobacterium animalis subsp.lactis BB-12 幫助排便、消化道保健
- Bifidobacterium animalis subsp.lactis CECT8145 消化道菌叢調整
長雙歧桿菌（Bifidobacterium longum）
此菌種又名龍根菌、比菲德式龍根菌
- Bifidobacterium longum BB536 幫助排便、消化道保健
- Bifidobacterium longum BG7 消化道保健、消化道菌叢調整
- Bifidobacterium longum BORI 消化道保健、抑制脂質沉積
酪酸菌（Clostridium butyricum）
- Clostridium butyricum MIYAIRI588 消化道保健、幫助排便
凝結芽孢桿菌（Bacillus coagulans Unique）
- Bacillus coagulans Unique IS-2 私密處保養、消化道保健
- Bacillus coagulans GBI-30 消化保健、免疫調節、乳糖消化
- Bacillus coagulans BACO17 消化道保健、幫助排便
嗜熱鏈球菌（Streptococcus thermophilus）
- Streptococcus thermophilus ST4 消化道保健
影響益生菌功效的3個要素
- 益生菌菌株的功效科學研究
- 活菌數
- 活菌最終存活率
益生菌的科學研究與菌數要多少
一款益生菌是否有效可以單看成分中的主要菌株的活菌數與是否具有科學研究來認定，也就是第一點與第二點。
舉例來說，鼠李糖桿菌GG菌株（LGG菌）具有調整體質作用的研究，而研究中受測者一天需服用2.5億才有效。產品中的LGG菌就需要含有2.5億的活菌數才「可能」有效。
※ 每一株菌株每天所需的劑量以及對應的功效都不盡相同，以現有的益生菌研究來說，大多數的研究每天的活菌數劑量約介於1～100億之間。
活菌存活率影響最終益生菌的功效發揮
當菌株有了科學研究與建議的菌數之後，再來談活菌的存活率…
活菌因為是“活”的，很容易受環境影響其存活率，許多議題也都是圍繞著活菌的生存率，包含益生菌是否需要冷藏、空腹吃/飯後吃、劑型，甚至到包埋技術與否，都與活菌的生存率習習相關。
在體外（包裝內），受濕度、溫度影響最大。
在體內，受胃酸、膽鹼影響。
若益生菌成分以乳桿菌、雙歧桿菌為主菌配方來說，符合以下條件吃到的活菌最多…
- 劑型：膠囊、粉劑 ＞錠劑或軟糖
- 保存、運送方式：冷藏 > 常溫
- 包覆技術：凍乾包埋 > 沒有包埋技術
- 吃的時機：空腹吃
每一個製作階段皆會影響益生菌產品中的活菌數
益生菌製作
好的益生菌在製作過程中會進行凍乾包埋的方式來讓活菌進入休眠狀態，讓其代謝降低，生存時間拉長，而部分包埋技術則能有避免活菌被酸傷害的功能。
益生菌劑型
在凍乾包埋後，益生菌成粉末狀，若是膠囊劑型則會多一層膠囊殼保護，確實相較於粉狀的益生菌更具有耐酸的能力。
然而，每一顆膠囊的空間有限，單一顆膠囊益生菌的劑量通常會比一包粉狀益生菌少很多。
粉狀、膠囊劑型都是比較推薦的劑型，其他則不建議，原因可以看6大益生菌劑型比較。
保存、運送方式
前面提到凍乾包埋後的益生菌是休眠狀態，若遇到常溫則會甦醒並開始生命週期，而體外的環境並不適合活菌生存，因此活菌數會隨著時間快速減少。
部分廠商會採用冷藏的方式，繼續讓活菌保持休眠狀態延長活菌數量、盡量保有出廠菌數的品質；而若是常溫未冷藏的益生菌則容易有吃到的都是死菌而效果降低的情況，所以部分廠商也會提高出廠菌數來保證最終的活菌數量。