作為台灣熱銷的保健食品之一，大眾普遍認知的益生菌對人體有諸多益處，且普遍被認為是安全的，然而，與任何營養補充劑一樣，攝取量過猶不及都不好，在某些層面上，益生菌也有可能帶來副作用，雖然這些副作用是在極少數的案例中才會出現，仍需注意。
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今天要探討的是單純討論在現有的益生菌研究中曾出現的副作用案例，就不特別提到益生菌產品中的其他成分，像是之前提到的添加刺激性瀉藥…等所造成的副作用在這裡就不贅述。
本篇文章的主題會著重在「正規益生菌中可能會產生的副作用」
益生菌常見腸道副作用：脹氣、腹瀉
益生菌因為是活性微生物，在進入人體時會因為體質不同而產生不同的免疫反應，也有人稱之為菌相調節反應，有些比較敏感的人會有相關應激反映，有些則不會，其症狀包含：脹氣、腹瀉，嚴重則可能會引起過敏反應，這些症狀通常會在停止服用益生菌後消失。
因此，在剛開始接觸益生菌時，都不建議攝取過多菌數。
大多會先建議消費者從最低劑量開始食用，看是否有不適應的反應，在慢慢加到正常劑量。
益生菌對免疫力低下者恐引發菌血症?
儘管益生菌對健康人體來說通常是安全的，對於免疫力低下的個體仍有些感染的案例。
布拉氏酵母菌、及部分乳酸菌如：嗜酸乳桿菌、乾酪乳桿菌、植物乳桿菌、枯草桿菌、短雙歧桿菌都有少數案例指出使用後引發菌血症或心內膜炎
益生菌吃太多會腦霧?
在幾年前《Clin Transl Gastroenterol》研究結果指出，益生菌除了有可能導致腹脹之外，也有可能會讓人注意力不集中、記憶力下降…等腦霧的現象，而觸發的原因可能與有小腸細菌過度增生(SIBO)、與特定種類益生菌在發酵後產生的「D-乳酸」有關。
乳酸菌其中一個最具代表性的特性是在代謝過程中產生「乳酸」，這種乳酸可分為兩種主要類型：「L-乳酸(左旋乳酸)」與「D-乳酸(右旋乳酸)」。
以目前使用最大宗的乳桿菌數來說，不同菌種所代謝產生的乳酸也不同，某些乳酸桿菌菌種會產生較多的D-乳酸，包括…
- 保加利亞乳桿菌 (Lactobacillus delbrueckii)
- 唾液乳桿菌 (Lactobacillus salivarius)
- 植物乳酸桿菌 (Lactobacillus plantarum)
- 嗜酸乳桿菌 (Lactobacillus acidophilus)
雖然人體通常能夠處理適量的D-乳酸，但過量攝入這些產生D乳酸的菌種可能導致「D-乳酸中毒」，而其中一個症狀表徵就是腦霧。
D-乳酸中毒
- 症狀: 可能包括神經系統症狀如意識混亂、言語不清、步態不穩、極度疲勞等暫時的認知功能下降。
- 風險群體: 短腸症候群患者(short bowel syndrome)、腸道手術後的人，以及某些代謝疾病患者更容易受影響。
不過這份研究也存在一些缺點
1. 樣本數偏少
2. 缺乏有力的證據
研究方式透過搜集過去三年被轉介到照護中心、且都有腸胃症狀的患者，將其分類並調查他們是否有使用益生菌、腦霧症狀。
雖然腦霧組別確實都有服用益生菌、D乳酸與SIBO的比例較高，但沒有有力的證據證實因果關係 (D乳酸中毒與SIBO是因為吃益生菌才引起的? 還是這些腦霧患者本身就有D乳酸中毒、SIBO症狀所以才額外攝取益生菌，想看看是否可改善原本的症狀)
參考資料：益生菌食用不當 小心頭昏「腹」脹
特定種類的益生菌可能造成抗藥性的副作用-「糞腸球菌」及「屎腸球菌」
在幾年前有爆發知名益生菌產品添加「腸球菌」的新聞，而問題的主角就是「糞腸球菌」及「屎腸球菌」這兩種菌種。
「糞腸球菌」及「屎腸球菌」在某些情況下確實被當作益生菌，但嚴格來說並不算是益生菌，其性質比較偏向「伺機菌」，簡單來說就是腸道菌叢中的「牆頭草」。
在健康人體內，他是腸道菌群的一部分，但是當宿主免疫力下降時，他們就有機會成為病原菌，引起感染。
糞腸球菌和屎腸球菌抗藥基因移轉
糞腸球菌和屎腸球菌有一個值得注意的特徵—抗藥性。
雖然許多益生菌都可能具有某種程度的抗藥性，但這兩種菌的情況更為特殊。
關鍵問題在於它們的抗藥性基因是否可能轉移到其他細菌。
一般而言，抗藥性基因在不同菌種間的傳遞並不常見。
然而，糞腸球菌和屎腸球菌卻因其獨特的基因特性而成為例外，這些細菌能夠通過一種稱為「水平基因轉移」的過程，將其抗藥性基因傳遞給腸道中的其他細菌，包括潛在的病原體。
這種能力使得糞腸球菌和屎腸球菌在醫療環境中尤其受到關注，它們可能成為抗藥性基因的「儲存庫」，增加了難治性感染的風險。因此，儘管這些細菌可能具有某些益生作用，但使用它們作為益生菌補充劑時需要格外謹慎。
衛生福利部食品藥物管理署公告於2018年11月6日起「糞腸球菌(Enterococcus faecalis)及屎腸球菌(Enterococcus faecium)未經確認其食用安全性前不得作為食品原料使用」
參考研究：益生菌的風險和安全性
益生菌使用注意事項
1. 選購時應注意
- 產品所使用的益生菌菌株清楚標示菌株，且該菌株能在期刊中找的到研究證實
- 通過FDA安全性認證的菌株
2. 攝取菌數應注意是否過量
3. 特殊疾病人群(短腸症後群、免疫力低下)在使用益生菌應諮詢醫師、專業人士
延伸閱讀：益生菌成份怎麼看