在眾多的研究實驗中顯示益生菌能調整體質、維持消化機能等作用。
對於嬰兒來說，目前已經有多項臨床研究是有關益生菌對嬰兒腸絞痛、腹瀉、便秘、過敏…等影響，但實際上新生兒、幼童是否需要使用益生菌仍存在爭議，例如：在較早期的研究中指出剛出生的嬰兒(未滿6個月)補充益生菌與沒有補充益生菌的嬰兒在腸道菌群的豐富度上沒有影響、甚至有較少的豐富性。
嬰幼兒的益生菌來源
新生兒/寶寶益生菌來源 – 產道、母乳
嬰兒腸道在出生後菌群才會慢慢開始建立，而第一批接觸的菌，就是來自產道，多為雙歧桿菌與鏈球。
其次是母乳，除了含有大量的營養物質、抗體、酵素之外，更包含了乳酸桿菌與雙歧桿菌，這些好菌會在寶寶的消化道中慢慢形成菌落，並產生對人體有益的維生素、營養物質。
參考文獻：Rationale of Probiotic Supplementation during Pregnancy and Neonatal Period
而在自然分娩的新生兒、健康嬰兒腸道中，雙歧桿菌是最主要的菌群，在嬰兒的免疫系統中發揮重要作用。
有許多研究指出「剖婦產的嬰兒因無法從母親產道獲得關鍵細菌，因此與自然產的嬰兒相比這些剖婦產嬰兒腸道中的雙歧桿菌數量低很多，並增加哭泣、煩躁以及過敏症狀的風險」
同時母乳哺育的嬰兒與配方奶哺育的嬰兒腸道菌群組成也有所不同，前者的雙歧桿菌數量更高，後者則以大腸桿菌與擬桿菌數量較多。
參考文獻：The Impact of Cesarean Section Delivery on Intestinal Microbiota: Mechanisms, Consequences, and Perspectives—A Systematic Review
奶粉中的益生菌與益生元
未使用母乳哺育的嬰兒通常會以配方奶粉、成長奶粉替代，這些奶粉除了會添加嬰兒所需的營養素之外，多數也會添加益生菌與益生元。
而益生元即是好菌成長所需的來源，常會以「寡糖」的形式存在，最常見得像是「異麥芽寡糖(IMO)」、「半乳寡糖(GOS」、「果寡糖(FOS)」，這也是成長奶粉中能幫助寶寶建立腸道菌叢的主要成分，能幫助腸道中原本好菌的生長。
反而奶粉是否有額外添加益生菌可能不重要，為什麼呢?
奶粉中的益生活菌可能幾乎所剩無幾，原因有二
- 開架奶粉常溫存放
- 奶粉需經高溫沖泡
奶粉大多以開架的形式販售，若奶粉中添加的益生活菌若以雙歧桿菌、乳酸桿菌為主，則無法在奶粉沖泡(高溫)的環境下生存；通常常溫存放的活菌也會因為包裝內缺乏生存要素(如：水源)無法存活超過一周。
延伸閱讀：益生菌冰不冰?冷藏與否看菌種
寶寶需要額外補充益生菌嗎?
新生兒沒有特殊狀況不需要額外攝取益生菌
寶寶前期食物來源只有母乳，相對單純，且母乳內已含有部分益生菌與益生元，最常見的益生元就是母乳寡糖(HMO)，母乳寡糖就能幫助寶寶體內的雙歧桿菌生長，因此大部分的醫師的建議都是沒有特別情況就不用特地攝取。
市場上的寶寶益生菌幾乎也都建議6個月以上寶寶再補充，即便是0歲以下(6個月以下)嬰幼兒有需求，也都會建議採用保守補充益生菌(腸胃保健類型的益生菌、菌數較少)的方式，等寶寶大一點再開始採用比較積極的做法使用調整體質的益生菌。
調整體質的益生菌是透過刺激消化道中的免疫細胞來達到調整體質的作用，因此，菌數大多比腸道保健類型的益生菌還要多。